In 1559 wordt na besluit van de stadsraad de Academie van Genève gesticht. Deze Academie bestaat uit een ‘schola privata’,d.w.z. een combinatie van basisonderwijs en voortgezet onderwijs, en een ‘schola publica’, die meer als universiteit bedoeld is en waar men theologie, rechten en medicijnen kan studeren. Studenten moeten hun instemming met de gereformeerde belijdenis tonen. Uit heel Europa komen studenten hier studeren; uit Nederland o.a. Marnix van Sint Aldegonde.
Theodorus Beza wordt de eerste rector. In 1558 was Beza naar Genève gekomen. Hij komt op voor de Waldenzen en de Hugenoten. Ook neemt hij als officieel vertegenwoordiger van de gereformeerden deel aan de godsdienstgesprekken te Poissy (1561) en St. Germain (1562). Zijn doel is om de reformatie in Frankrijk te helpen, maar dit heeft geen resultaat. Na Calvijns dood in 1564 treedt hij als diens opvolger op. Hij publiceert onder andere over de leer van de uitverkiezing en verzorgt een tekstkritische uitgave van het Nieuwe Testament. Hij sterft in hoge ouderdom (86 jaar).
