Twee jaar na de dood van Luther ontbrandt er tussen lutheranen onderling een soms felle strijd om de theologische erfenis van Luther. Hierbij komt de verhouding met de calvinisten ook nadrukkelijk aan de orde. De ‘pure’, zuivere lutheranen worden ‘Gnesio-Lutheranen’ genoemd, die meenden dat ze geen enkele concessie konden doen m.b.t. de erfenis van Luthers theologie, terwijl de aanhangers van Melanchthon ‘Philippisten’ of ook wel ‘Crypto-Calvinisten’ heten en een gematigder en soepeler standpunt innamen. De belangrijkste onderwerpen die aan de orde komen zijn:
- De verhouding van de lutheranen tot de rooms-katholieke kerk, aangeduid als de adiaphoristische strijd: (Grieks: adiaphora, d.w.z. ‘onverschillige dingen’. Melanchthon stelt dat bepaalde elementen in de katholieke eredienst tot de middelmatige dingen behoren. Onder leiding van de felle lutheraan Matthias Flacius Illyricus (1520-1575) komt een stroming binnen het lutheranisme hiertegen scherp in verzet.
- De betekenis van het centrale van Luthers theologie: de rechtvaardiging door het geloof alleen, aangeduid als de majoristische strijd, genoemd naar de met Melanchthon bevriende theoloog Georg Major (1502-1574), hoogleraar te Wittenberg, die het standpunt had dat ‘goede werken noodzakelijk waren voor de zaligheid’. Wat is dan het wezenlijke van de leer van het ‘sola gratia’ (alleen door genade)?
- De vraag naar de mogelijkheden van een mens, aangeduid als de synergistische strijd; (synergie = Grieks voor meewerken), d.w.z. de vraag of en zo ja, hoe mens met de Heilige Geest meewerkt aan zijn eeuwig heil; de vraag bleef: is de mens werkelijk onbekwaam tot enig goed, of kan hij toch nog wel iets voor zijn eeuwig heil presteren? Melanchthon neigt iets naar het semi-pelagianisme, de leer dat in de mens wel een mogelijkheid daartoe zou bezitten.
- De reeds lang slepende strijd om de juiste avondmaalsopvatting: in hoeverre is Christus lichamelijk aanwezig in de tekenen van brood en wijn?