In 1521 Justus Jonas wordt hij professor in het canonieke recht (=kerkrecht) in Wittenberg. Hij is nauw betrokken bij Luthers werk aan de Bijbelvertaling en vertaalt ook een aantal van zijn reformatorische geschriften.
Jonas is onder andere aanwezig bij het godsdienstgesprek tussen Luther en Zwingli te Marburg (1529) en op de Rijksdag te Augsburg (1530). Jonas werkt vanaf 1541 als superintendent (d.i. een functie vergelijkbaar met die van een bisschop) in het pas reformatorische Halle (waar aartsbisschop Albrecht van Mainz en Maagdenburg zijn gezag heeft verloren). Jonas onderhoudt een briefwisseling met Luther en is aanwezig bij diens overlijden. Verder werkt hij mee aan de stichting van de universiteit van Jena en is hij hofprediker van hertog Johann Ernst te Coburg. In 1555 overlijdt Jonas, hij laat vooral commentaren en preken na.
