Martin Bucer, die zich in Straatsburg beijvert voor de verdere reformatie, probeert in de aanloop naar het godsdienstgesprek te Marburg (1529) Luther en Zwingli in de avondmaalskwestie op één lijn te brengen. Luther kan zich daarin niet vinden. Tegenover de wederdopers verdedigt Bucer de kinderdoop, veelal met succes.
Naast zijn hervormingswerk op het terrein van de ordeningen in kerk, school en stad ontwikkelt Bucer een ambtsleer (met een vaste, ambtelijke plaats voor ouderlingen en diakenen) die voor het gereformeerde protestantisme bepalend wordt. Zijn Von der waren Seelsorge (1538) is het eerste reformatorische handboek voor het pastoraat. Bucer heeft een afwijkende visie op huwelijk en echtscheiding en is voorstander van een ruimere echtscheidingspraktijk.
Hij heeft in 1543 een ontwerp gemaakt (onder de titel ‘Einfaltiges Bedencken’) voor de aartsbisschop van Keulen (Hermann von Wied) om daar de reformatie door te voeren; het is echter niet gelukt om Keulen te reformeren.
Als in Straatsburg in 1548 op last van keizer Karel V de mis weer wordt ingevoerd, verlaat Bucer de stad en wordt hij op uitnodiging van de Engelse kerkhervormer Thomas Cranmer hoogleraar in Cambridge (1549). Volgens Bucer moet het koningschap van Christus in de hele samenleving gestalte krijgen. Dit schrijft hij in De Regno Christi (1550), opgedragen aan de Engelse koning Eduard VI.
Bucer, die drie keer hertrouwde (steeds na het sterven van een echtgenote), overlijdt in Engeland in 1551. Onder de regering van de rooms-katholieke koningin Maria Tudor, bijgenaamd Bloody Mary, worden zijn beenderen zelfs opgegraven en alsnog verbrand.
