De Synode van Emden (4-13 oktober 1571) is de eerste nationale synode van de gereformeerde kerken in de Nederlanden (veel van die kerken bestonden als vluchtelingengemeenten buiten de grenzen). Gehouden in de Oost-Friese havenstad Emden dat een toevluchtsoord is voor vervolgde protestanten. Resultaat van deze synode, waarvan ds. Gaspar van der Heyden voorzitter is, is een kerkorde waarin bepaalde afspraken worden gemaakt, zoals het gebruik van de Heidelbergse Catechismus en ondertekening van de Nederlandse Geloofsbelijdenis door alle ambtsdragers, waarin de eenheid van het geloof tot uiting komt.
Ook kiest men voor een kerkelijke structuur die niet hiërarchisch is, maar presbyteriaal-synodaal, d.w.z. per gemeente een kerkenraad, per regio een classis, per provincie een provinciale synode en landelijk een generale synode. Een kenmerkende regel is: “Gheen kercke sal over een ander Kercke, gheen Dienaer des Woorts, gheen Ouderlinck, noch Diaken sal d’een over d’ander heerschappie voeren‘. Hiermee breekt men met de hiërarchie: een synode staat niet bovenaan, maar aan de plaatselijke kerken wordt een vérgaande vorm van zelfstandigheid toegekend.
