In de oorlog tegen Spanje breekt in 1609 het Twaalfjarig Bestand (1609-1621) aan, een door beide partijen, na onderhandelingen in Antwerpen, afgesproken periode van wapenstilstand. Spanje erkent de Republiek (voorlopig) als soeverein en beide partijen behouden de gebieden waarover ze op dat moment de macht hebben.
Nu komt er juist in die tijd grote onenigheid op politiek en godsdienstig gebied aan het licht: spanningen tussen stadhouder prins Maurits en raadpensionaris Johan van Oldenbarnevelt over de vraag bij wie de hoogste macht berusten daarbij diepgaande meningsverschillen in de kerk tussen arminianen (of remonstranten, de aanhangers van Arminius) en gomaristen (of contraremonstranten, de aanhangers van Gomarus) over de leer van de uitverkiezing (predestinatie).
Beide conflicten houden de gemoederen sterk bezig; formeel eindigen ze in 1619 als Oldenbarnevelt wegens hoogverraad wordt geëxecuteerd op het Binnenhof in Den Haag en als op de Dordtse synode (1618-1619) de remonstrantse leer wordt veroordeeld en de remonstranten de gereformeerde kerk worden uitgezet.
