Na het Edict van Nantes (1598) vormen de Hugenoten een soort staat in de staat Frankrijk. De rust en vrijheid duren niet lang. Hun politieke onafhankelijkheid is het katholieke deel van Frankrijk een doorn in het oog. De politiek van kardinaal Richelieu – hij is eerste minister van koning Lodewijk XIII – zorgt voor een bloedige strijd, waarbij de Hugenoten hun laatste stad wordt afgenomen (La Rochelle). Bij het daaropvolgende genade-edict van Nîmes (1629) blijft voor de Hugenoten alleen de godsdienstvrijheid gewaarborgd; de politieke rechten (zoals die bij het Edict van Nantes waren geformuleerd) werden ingetrokken. Er volgt nu een periode van rust en bloei. De Hugenoten beschikken over 8 theologische academies, waarvan die van Saumur de beroemdste is.
Door de steeds sterker wordende onderdrukkende overheidspolitiek van Lodewijk XIV nemen verschillende Hugenoten het besluit over te gaan tot de Rooms-katholieke kerk. In 1685 herroept koning Lodewijk XIV het Edict van Nantes; hij stelt zelfs ‘dat er geen Hugenoten meer zijn’. Daardoor komt er definitief een einde aan de godsdienstvrijheid van de Franse protestanten. Daarna, maar ook al in de decennia daarvóór, ontvluchten veel Hugenoten het land. Velen van hen komen in Nederland terecht. In Frankrijk volgen tijden waarin de Hugenoten oorlogen voeren tegen de koning.
